前回の続き・・・。
Sustained human outbreak of a new MPXV clade I lineage in eastern Democratic Republic of the Congo
☞ コンゴ民主共和国東部における新たな MPXV 系統 I のヒトからヒトへの継続的感染発生
上記論文の続きである。
アウトブレイク調査中に検査された 22 人の患者から、ほぼ全長のサル痘ウィルスゲノム配列が得られた。
ゲノムカバー率が 99% を超えるものが 12 件、 95% ～ 99% が 3 件、90% ～ 95% が 2 件、80% ～ 89% が 5 件だった。
ゲノム解析により、カミトゥガ(※注 1 )から分離されたすべてのサル痘ウィルス株が、以前に配列決定された 1 型エムポックスとは異なる系統上に密集していることが明らかになった(図 2 )。
(※注 1 )カミトゥガはコンゴ民主共和国南キブ州ムウェンガ地域の鉱山の町である。
新しい系統の発見により、すでに知られている 1 型の分類がさらに 54% 増加することになる。
以前は、 1 型全体を包含していた系統内では、最大のペアワイズ父系距離は、 1 サイトあたり合計 4.89 × 10 −4 個の置換 (約 96 個の個別のヌクレオチド変化に相当) だった。
カミトゥガでの発生からのゲノムを含めると、これは 1 サイトあたり 7.55 × 10 −4 の置換、または約 149 のヌクレオチド変化に増加したことになる。
2011 年と 2012 年に北キブ州と南キブ州でエムポックスの発生中に収集された 2 つのサル痘ウィルスサンプルの配列は、本研究で配列決定されたゲノムとクラスター化した。
ただし、ゲノムカバレッジが限られているため、カミトゥガクラスターに対する正確な系統学的位置を確実に特定することはできなかった。
カミトゥガの 22 のサル痘ウィルスゲノム配列は、9 つの再構築された変異を持つコンパクトなクラスターを形成した(図2b、c )。
これらの変異のうち 5 つはヒトからヒトへの感染を示している。
リザーバーホストのクレード 1 型サル痘ウィルスの変異の 8% の割合を考えると、9 つのうち 1 つ未満の型変異が予測される。
さらに、このクラスターのサル痘ウィルスがげっ歯類宿主種で観察されるように進化し続けた場合、5 つ以上の変異が観察される二項確率は 0.0003 になる。
変異の優位性は、このクラスター全体がヒトからヒトへの感染によって生じたという知見を裏付けており、ゲノム多様性の低さは最近の発生を示している。
分子時計解析では、ヒト系統 2b サル痘ウィルスの発生について推定された進化速度を用いて、カミトゥガゲノムの最も最近の共通祖先は 2023 年 9 月中旬頃に存在していたと推定しており、これは最も古い報告例と一致している。
しかし、この推定の信頼区間では、 2023 年 7 月という早い日付を排除することはできない(平均推定値は 2023 年 9 月 13 日で、 95% の最高事後密度区間は 2023 年 7 月 9 日から 2023 年 10 月 3 日である)。
推定指数関数的成長率は年間 10.8 (倍増時間 23 日)であったが、 95% の最高事後密度区間にはゼロが含まれる。
カミトゥガで分離された株を国内の他地域で分離された株と比較するため、 2023 年後半から 2024 年初頭にかけて他州から収集された25の分離株も追加で含めた。
これらの配列は以前の 1 型の多様性(系統 1a として識別されることが提案されている)と一致しており、カミトゥガのサル痘ウィルスの発生との関連はないことを示している(図 2b )。
さらに、カミトゥガ地域外で収集されたサンプルにおける他の変異と比較した型の変異の割合はわずか 15.3% (観察された 98 の変異のうち 15 )であり、これらの地域ではヒトからヒトへの感染が限られていることを唆している。
この報告書は、コンゴ民主共和国東部で現在も発生している流行における持続的なヒトからヒトへの感染に関連する新しい 1 型サル痘ウィルス系統について合致している。
サル痘ウィルスのヒトからヒトへの感染の特徴である関連変異の特定は、この主張を裏付けている。
その独特な地理的位置と系統発生の分岐のため、私たちはこの系統を 1b と命名し、以前に説明した 1 型を 1a に改名することを提案する( 1 型は現在、 1a と 1b の両方を包含していﾙ)。
2a と 2b の区別は、同様の根拠基づいて行われた。
注目すべきことに、このアウトブレイクに関連するカミトゥガのゲノム配列において、サル痘ウィルスゲノムの約 1kbp の大きな欠失が報告されている、
カミトゥガのアウトブレイクに関連する新しいゲノムにもこの欠失が含まれているため、これまでに提案された系統 1b からサンプリングされたすべてのゲノムがこの欠失を示し、特定の診断では増幅されないことが示唆されている。
対照的に、 2023 ～ 2024 年からサンプリングしたサル痘ウィルス系統 1a ゲノムにはこの欠失は含まれていなかった。
2011 ～ 2012 年に北キブ州と南キブ州で発生した 2 つのサル痘ウィルスサンプルは、カミトゥガ発生ゲノムとクラスターを形成したが、配列決定された遺伝子断片は 5 つだけだった(欠失領域はカバーされていなかった)。
したがって、これがこの発生に特有の最近の欠失なのか、この系統の非ヒト動物保有生物のウィルス特性なのかは断言できない。
提案されている系統群 1b は現在、カミトゥガ発生のゲノムのみで代表されているが、この地域での以前の人獣共通エムポックス症例から分離された短い断片的配列は、この系統がおそらく地元の非ヒト動物保有生物に以前から存在していたことを示唆している。
本研究の強みは、エムポックス流行地域にある品質管理された国内外の研究所で実施された、新しく高品質なウイルスゲノム配列解析である。
しかし、この後ろ向き症例シリーズでは、包括的な患者の臨床情報と人口統計情報がほとんど入手できないという限界がある。
これらの制約にもかかわらず、私たちのデータは、この流行における感染が主に性的接触に関連していたことを示唆している。
第一に、影響を受けた個人のほとんどは青年と若年成人であり、 15 歳未満の子供が最も影響を受けた以前のコンゴ民主共和国のエムポックス流行とは異なり、第二に、職業上の性労働者が不釣り合いに影響を受けていた。
最後に、病院の記録によると、ほとんどの症例でウィルス感染と一致する性器病変が見られた。
人口密度が高く、貧しい鉱山地域であるカミトゥガにおける系統 1 サル痘ウィルスの持続的な蔓延は、重大な懸念を引き起こしている。
地元の医療インフラは、外部からの援助へのアクセスが限られていることに加え、大規模な流行に対処するには不十分である。
報告された 241 件の症例は、おそらくこの地域で発生しているエムポックス症例の実際の発生率を過小評価していると思われる。
地元の医療従事者との会話では、コミュニティ内の多くの人々がエムポックスの症状を示していたものの、治療を受けていなかったと報告された。
カミトゥガと近隣のブカブ市の間では頻繁な往来が行われており、その後ルワンダやブルンジなどの近隣諸国に移動している。
さらに、カミトゥガで働く性労働者はさまざまな国籍を持ち、出身国に戻ることがよくある。
現時点ではアウトブレイクが広範囲に広がっているという証拠はないが、この鉱山労働者集団の移動性が高いため、現在のエリアを超えて国境を越えて拡大する大きなリスクがある。
1 型サル痘ウィルスの国際的な拡大は、 2 型と比較して毒性が高いため特に懸念されている。
記録された 241 件の症例のうち 2 人の患者が死亡しており、世界的な 2b のアウトブレイクよりも症例の致死率が高いものの、現在の 1a のアウトブレイク( 2024 年にコンゴ民主共和国で疑わしい症例で 4.6% が報告されている)よりも低いことを示している。
これは、 1b が 1a と比較して成人に影響を及ぼすことが多いためである可能性がある。
ただし、 Ib 感染の重症度を正確に評価するには、追加のデータが必要である。
私たちのデータは、カミトゥガからのサル痘ウィルスゲノムにおけるヒトからヒトへの感染を確認し、性行為による感染の疫学的調査結果を裏付けている。
しかし、カミトゥガのこの患者群は、コンゴ民主共和国で 2022 ～ 2023 年に発生したサル痘ウィルスの急増時に報告されたエムポックス症例の少数派である。
ゲノム証拠は、国内の他の地域でのほとんどの症例が、単一のヒト発生やウィルスの変化による感染性の増加によるものではなく、複数の独立したスピルオーバーイベントと、それに続くリザーバーホストからの二次感染およびそれ以降の感染によるものであることを示している。
全国的な症例急増の理由は依然として不明であり、これらのスピルオーバーイベントの原因を理解するにはさらなる調査が必要である。
カミトゥガの状況は、 2017 ～ 2018 年にナイジェリアで発生した 2b 系統のサル痘ウィルスの流行と酷似している。
介入しなければ、この局所的な流行は国内外に拡大する可能性がある。
地域監視の強化、地域社会の関与と症例管理の強化、感染リスクのある個人(発症者の接触者、医療従事者、性労働者や男性と性交渉を持つ男性を含む重要集団など)への標的型サル痘ウィルスワクチン接種など、緊急対策が必要である。
コンゴ民主共和国における最近のエムポックス流行の歴史を考えると、地域的にも世界的にも、 1 型サル痘ウィルスのより広範な地理的拡散を防ぐために、流行国と国際社会の両方から緊急の行動が必要であり、特に脆弱な主要集団のニーズへの対応に重点が置かれている。
その結果、私たちは、公衆衛生上の懸念としてのエムポックスの撲滅を推進するための研究ネットワークを確立するという包括的な目標を掲げ、アフリカ主導の学際的、複数国エムポックス研究コンソーシアム( MpoxReC ) を設立した。
主要な研究優先事項には、新しいサル痘ウィルス系統 1b のさらなる特徴付け、感染様式と疾患の重症度の理解、重症疾患のリスクがある集団が利用できるポイントオブケア迅速診断テスト、予防、治療戦略の評価などがある。
この包括的なアプローチは、個人と流行の両方の結果を改善することを目的としている。
次回へ・・・。
